经历过圣石之种事件半年后的高町奈叶与菲特·泰斯特罗莎两人则以朋友方式重逢，但随后卷入了一场袭击奈叶的大战。敌人目的正是以非法手段夺取魔导师的魔力资质，从而引发了时空管理局的重视和调查。

故事简介 　　故事的主人翁是平凡的小学三年级学生高町奈叶，和经营咖啡馆的父母，以及身为学生的哥哥和姐姐，还有关系良好的朋友们，一起过着非常普通的日常生活，却在奇妙的际遇下和“异世界的少年”相逢。从此生活都改变了，如此的相遇让奈叶得到魔法的力量，她开始帮助异世界少年寻找散落在世界上的异...